臺鐵局為增進斗南站及鄰近地區旅客搭車方便性，於106年12月即開始進行跨站式站房新建工程，歷經2年9個月，第一階段新站房訂於109年9月5日啟用，站內新設有無障礙電梯4座及電扶梯6座等服務設施，並可由鐵路東、西兩側進出車站，為附近民眾帶來更便利的搭車環境。
斗南跨站式站房啟用後除提供旅客更好的服務品質外，新設跨站式站房導入綠建築設計，與舊有站房及鐵道倉庫群具有高度和諧性，符合當代永續節能減碳的共通方向。斗南鎮擁有布袋戲偶、木雕、竹藝及葫盧雕刻藝術等豐富的傳統藝術文化，藉由新站房外觀傳達「斗南木藝」的意象，整合傳統藝術及生活的核心，也將原有的生活美學館、他里霧繪本館以及糖鐵公共藝術串聯。
跨站式站房融入後方高聳的雲林大尖山，新穎且充滿自然山水地貌的設計，將成為斗南新地標。新站房的啟用，定能對促進地方的交通便利與經濟發展，必能產生正面效益。
為慶祝斗南站跨站式站房啟用紀念，臺鐵局將於啟用典禮當日上午9時30分起，在斗南舊站候車室發售1000套紀念套票，每套售價新台幣200元整(每人限購5套)，現場並備有新站啟用紀念戳章，歡迎喜愛鐵道民眾購買珍藏。
