新型冠狀病毒肺炎，爆發以來，今年日月潭泳渡是否續辦？14日下午中央疾管署、體育署及南投縣府研商後，日月潭泳渡如期舉辦，但將成為防疫最嚴格的水上活動。
日月潭泳渡２７日如期舉辦，管制措施加強，縣府除了首次廣招防疫志工，在泳渡活動時投入相關工作，也要求參加的泳客務必自備至少2個口罩，下水前、上岸後都得全程戴口罩，活動並將落實實名制。當天，大會也將拉開下水時間，下水前維持社交距離，達到防疫需求。
縣府表示，參加泳渡者，從下車報到，到下水前，一定得戴上口罩，游泳時再將口罩放進防水袋中，上岸後再戴起口罩。未依規定保持社交距離，不戴口罩者，經勸導後，不排除開罰，呼籲大家應遵守。
另外，中央CDC將協助過濾泳客名單，報名後出國且需隔離、檢疫者，在活動前入出境未滿21天者，都將禁止參加。
泳渡報名實名制，陪同參加泳渡的親朋好友，雖然沒有報名，但 在活動前得向承辦的埔里四季早泳會填報資料，以利掌握追蹤，泳渡官網也將公告相關事項。
疾管署呼籲，因今年特殊疫情關係，當天除了泳客及工作人員外，其他親友眷屬盡可能不要進入泳渡活動範圍區域。值得注意是，為了防疫，上岸的伊達邵碼頭將設置管制區域，除了持證的工作人員，泳客只出不進。
由於萬人泳渡影響層面大，食宿、交通都動了起來。五成的泳客訂購餐盒，主辦單位呼籲領完餐盒後，儘可能離開會場再用餐，避免群聚發生感染，觀光旅宿業者，也要依防疫規定，加強高密度消毒，確保安全。
雖然今年泳渡日月潭關卡重重，主辦單位希望泳客配合，游出健康，並成為防疫運動示範。
縣府陳正昇副縣長感謝中央疫情指揮中心，及體育署給予泳渡防疫工作專業指導與建議，這也是泳渡活動38年來史上第一次遇上防疫問題，教育部體育署亦也期盼本次萬人泳渡在活動規畫，能作為大型活動防疫最佳典範。
日月潭萬人泳渡，今年特別艱難。年初爆發疫情後，隨著疫情變化，中央政府帶頭努力拚經濟，於5月8日宣布，推動「防疫新生活運動」以來，引領民眾以落實個人衛生防護措施為前提享受生活促進經濟，除鼓勵民眾前往配合防疫的店家消費，行政院並於6月7日宣布全台解封，依「邊境風險嚴管，國內鬆綁」原則處理。
防疫新生活、加上全台解封，撥開防疫烏雲，讓沈悶已久的民眾，走出戶外，風景區人潮湧現。當時經開會審慎評估安全無虞，日月潭泳渡才決定自 7月 11日起受理報名，但2萬5千名額，縮減要至2萬人，短短4天報名便告額滿。
國內防疫有成本土病例幾乎不再，但人算不如天算，最近由於出境人士，在國外被檢出染疫，病毒彷佛是躲在暗處的敵人，防不勝防。為此，防疫工作再度上緊發條，中央流行疫情指揮中心於8月5日通令，8大類場所戴上口罩，包括大型活動更得加強防疫。
防疫由鬆變緊，日月潭泳渡，辦還是不辦，一度陷入兩難，週邊飯店、民宿已經預定額滿。二萬多名泳客躍躍欲試，對防疫來說面臨考驗。基於防疫政策屬中央疫情指揮中心權責，為求慎重，縣府於8月24日發文，向中央防疫中心請示，日月潭泳渡是否續辦，盼望中央儘早做出決定，不管辦或不辦，南投縣都得做好萬全準備蓄勢待發。
中央疫情指揮中心發言人、疾管署副署長莊人祥於14日邀集體育署全民運動組長呂忠仁，南投縣副縣長陳正昇、衛生局長黃昭郎、教育處長陸正威，共同商議日月潭泳渡事宜，在疾管署與體育署肯定南投縣府努力及日月潭泳渡別具意義的考量下，疾管署也同意積極指導協助補強日月潭泳渡防疫計畫，中央地方最後終於達成如期於9月27日續辦109年日月潭泳渡的共識。
縣府估計，停辦日月潭萬人泳渡，週邊飯店訂房及經濟活動損失約8千萬元，但看不到的威脅，才是讓人擔心的地方。因此，縣府副縣長陳正昇建議中央，協助過濾參加名單，進行勾稽，排除最近出國、返國人士參加泳渡活動。
日月潭萬人泳渡，歷經38屆，將近40個年頭，已樹立健康、活力形象及年度首選運動休閒項目，是最具歷史與規模的國際活動。
依照公告簡章，如遇到天災或疫情等不可抗拒之原因，雖然日月潭泳渡可以停辦，但在南投縣府勿恃敵之不來，恃吾有以待之的積極作為與提前部署下，終於獲得中央背書及全力指導協助防疫的肯定，副縣長陳正昇強調說，南投縣府一定全力以赴，在中央的大力指導協助下，辦好今年日月潭泳渡，請參加選手全力配合防疫也會做到讓一般民眾放心。
