小琉球肚仔坪潮間帶原具有豐富的海洋底棲生物多樣性及獨特的海草床與珊瑚礁景觀，但已嚴重退化到剩數量龐大的海膽和滿佈坑洞的裸露礁石現況，令屏東縣政府及保育人士擔憂。針對可能因素，屏東縣政府透過中山大學團隊與在地導覽員頻繁溝通後，在兼顧當地觀光利益前提下，提出幾項改善建議，包括限制同一時間進入潮間帶的人數、劃設核心保育區以復育生物、規劃生態導覽路線以限縮踩踏範圍、加強宣導並限制採捕海膽主要天敵等，未來屏東縣政府將逐步規劃及推動這些改善建議。另外中山大學團隊也建議參考國外經驗，進行海膽移除改善「海膽荒礁」的試驗研究，以獲得具最大改善效果的移除作法之依據，屏東縣政府亦將尋求海洋委員會支援，補助相關研究，以進行未來採取進一步措施之先期作業。
肚仔坪潮間帶原是導覽員帶領遊客認識潮間帶生物的熱門解說地點，過去曾考慮不開放、而以作為當地底棲生物種源庫的方式進行管理，為此屏東縣政府採納居民意見並透過海洋委員會補助，於109年委託中山大學研究團隊進行生態調查。然而調查結果卻顯示，和五年前資料相比，肚仔坪不僅生物個體密度減少達八成，物種豐富度也下降超過八成，部分生物逐漸消失，生態環境也改變，急需研議解決方案。
中山大學團隊參考當地導覽員自主蒐集的資料及在地居民之描述指出，早年肚仔坪的淺灘上有著良好之砂土底質，並有大片泰來草形成的海草床；但近年來潮間帶礁台環境明顯改變，泰來草叢只零星可見，早期的優勢生物也已消失，取而代之的是數量龐大的海膽和為數也不少的海參。依現場勘查及影像分析，初估當地的海膽數量可能在80至100萬顆的驚人數字。
海膽在珊瑚礁生態系中扮演重要的角色，適量地啃食藻類，可以讓珊瑚有更多生長空間，其他底棲生物也可以躲在由海膽挖出來的洞穴中，並增加海參的食物來源。然而一旦海膽族群成長失控，原本豐富多樣的棲地就會因高密度海膽的啃食而改變，依存在其中的海洋生物也會隨之消失，最後只剩礁岩及海膽，不再具有之前的高生產力及豐富生物多樣性，這種狀態科學界稱為「海膽荒礁」，若再不處理，很可能會演變成毫無生氣的冰冷礁石。
中山大學研究團隊透過文獻蒐集及居民座談，推測造成這個棲地退化及生物多樣性下降的主因包括遊客踩踏破壞棲地、過漁造成海膽天敵減少、污水外溢造成海膽食物增生，以及大自然的颱風、氣候變遷影響等。
