6月16日起，澎湖漁船至台灣交易漁獲，返回澎湖後，船長、船員一律必須接受快篩，避免形成防疫漏洞。
澎湖籍漁船曾經前往台灣販售漁獲約有94艘，經第七岸巡隊協查目前仍會不定期到台灣販售漁獲的漁船，外垵20艘、內垵3艘、赤崁3艘、七美2艘。
為加強海上防疫，澎湖籍漁船自台灣返回澎湖，統一於馬公第三漁港安檢所進港報關後，由專車接駁至醫院進行篩檢，確定陰性後再載返回第三漁港，離島望安、七美則由當地衛生所執行快篩。
若離島望安、七美快篩出陽性，將請漁民將漁船開至馬公，漁船進行全面性清消，縣府派車載至醫院做PCR篩檢。
